بعد مرور عشر سنوات على نهاية الحرب ضد الدكتور هيل وآلاته الآلية (لا يتم ذكر أحداث Great Mazinger) يعيش العالم في عصر السلام بفضل تطوير الطاقة الضوئية لأغراض سلمية. أصبح طيار مازنجر زد، كوجي كابوتو، عالمًا معتبرًا بعد والده وجده، بينما أصبحت ساياكا يومي مديرة معهد أبحاث الفوتون بعد أن أصبح والدها الدكتور يومي رئيس وزراء اليابان. أما زوج تيتسويا تسوروجي، طيار مازنجر العظيم، فلا يزال في الجيش ومتزوجًا من جون هونو، التي تنتظر طفلهما الأول، وأخو كوجي الأصغر، شيرو، هو أيضًا طيار آلي في الجيش.

أثناء بناء مبنى المعهد الجديد، يجدون روبوتًا ضخمًا مدفونًا تحت جبل فوجي، ويطلقون عليه اسم Infinity. وعندما يأتي كوجي للتحقيق، تظهر فتاة من الداخل. ليزا هي وحدة التحكم الرئيسية للروبوت، وهي وحدة ذكاء اصطناعي عضوية بنسبة 91% تملك مشاعر. وقبل وقت قصير من ذلك، يهاجم الدكتور هيل، الذي يعتقد أن هذا العالم ليس يستحق الوجود، المعهد بآلاته الجديدة، ويسرق إنفينيتي، باستخدام تيتسويا ومازنجر العظيم كمفتاح تشغيل مؤقت، حيث فشل في الحصول على ليزا